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RRBS
RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing）产品介绍： RRBS（Reduced representation bisulfite sequencing，简化甲基化测序）是利用限制性内切酶MspⅠ酶对基因组进行酶切，富集CpG片段，再进行Bisulfite测序，从而对富集片段的甲基化展开分析的技术。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，是一种高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模样本的研究中具有广泛的应用前景。
▲RRBS-seq测序基本原理 技术路线：
样本要求： DNA总量：大于2 μg DNA浓度：≥40 ng/μl DNA纯度：OD260/OD280=1.8-2.0，OD260/OD230大于2.0，琼脂糖凝胶电泳检测主带大约23Kb，无拖尾无降解，无蛋白污染。 建库测序： 测序策略：Illumina Hiseq, PE150 测序深度：10G 项目周期： 45个工作日 案例分析 《Zeb2在小鼠胚胎干细胞的外胚层出口调控细胞命运》 Zeb2 Regulates Cell Fate at the Exit from Epiblast State in Mouse Embryonic Stem Cells. Stem Cells. 2016;35(3):611-625（IF=5.587） 研究背景： 在人类ESCs中，转录因子Zeb2调控神经外胚层与中胚层的形成，但Zeb2在这些细胞中影响其全转录调控网络原因尚不清楚。 研究结果： 作者制备了Zeb2敲除(KO)小鼠ESCs，将其作为胚状体(EBs)进行神经及一般分化，并在神经分化过程中进行RNA-seq和 RRBS-seq分析。结果表明，Zeb2优先作为与发育进程相关的转录抑制因子，而Zeb2 KO ESCs可以在其早期就去除了Zeb2影响。然而，这些细胞大多数在EBs胚层的早期状态时，神经和中胚层分化中就已经受损。在Zeb2敲除情况下，参与多能性、上皮-间质转化基因EMT和DNA-甲基化的基因(包括Tet1)被解除控制。有趣的是，即使在长时间的分化后，这类Zeb2 KO EBs的细胞仍能保持重新适应2i+LIF条件的能力，而Tet1的敲低挽救了它们部分受损的分化。因此，除了在EMT中的作用外，Zeb2在ESCs从外胚层状态退出的过程中也是至关重要的，它将多能性网络和DNA甲基化与不可逆转的分化联系在一起。
▲细胞分化过程中RRBS结果 |
