TECHNOLOGY SERVICE
科技服务
|
6mA-IP-seq
6mA-IP-seq( DNA N6-methyladenine Immunoprecipitation Sequencing)产品介绍: 6mA-IP-seq其原理类似于MeDIP的免疫共沉淀测序技术,利用特异性抗体富集6mA片段,扩增后进行高通量测序及甲基化分析,以较小的数据量,快速地绘制全基因组DNA甲基化水平的图谱。 6mA作为DNA的另一种甲基化修饰,在真核生物中含量较低(10-6-10-5),与环境压力、胚胎发育等有关。近期研究报道认为6mA是作为5mC甲基化修饰的一种补充调控方式,但是其具体机制及功能有待进一步研究报道。 ▲6mA-IP-seq建库测序流程图
技术路线: 样本要求: DNA总量:大于10 μg DNA浓度:≥50 ng/μl DNA纯度:OD260/OD280=1.8-2.0,OD260/OD230大于2.0,琼脂糖凝胶电泳检测主带大约23Kb,无拖尾无降解,无蛋白污染。 建库测序: 测序策略:Illumina Hiseq, PE150 测序深度:20-30M clean reads 项目周期: 60个工作日 案例分析 《N6 -甲基脱氧腺苷标记衣藻中活跃的转录起始位点》 N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas. Cell, 2015, 161(4):879-892.(IF=28.71) 研究背景: N6 -甲基脱氧腺苷(6mA)是保存在原核生物到真核生物的DNA修饰。它广泛存在于细菌中,并在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节等方面发挥作用。相比之下,6mA在真核生物中的分布和功能尚不清楚。 研究结果: 作者使用新的测序方法对衣藻全基因组中的6mA分布情况进行了全面的分析。在衣藻基因组中有84%的基因发现了6mA修饰。结果发现6mA主要位于转录起始位点(TSS)附近的ApT二核苷酸区域,呈双峰分布,似乎标记活性基因。在碱基分辨率上也观察到一种周期性的6mA沉积模式,这种模式与TSS附近的核小体分布有关,表明可能在核小体定位中起作用。衣藻的6mA结构在全基因组中的定位及其独特分布情况揭示了6mA在真核生物基因表达中的潜在调控作用。 ▲衣藻的6mA分布情况及其潜在motif结构和单碱基分布图谱 |