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6mA-IP-seq
6mA-IP-seq（ DNA N6-methyladenine Immunoprecipitation Sequencing）产品介绍： 6mA作为DNA的另⼀种甲基化修饰，在真核生物中含量较低（10-6-10-5），与环境压⼒、胚胎发育等有关。近期研究报道认为6mA是作为5mC甲基化修饰的⼀种补充调控方式，但是其具体机制及功能有待进⼀步研究报道。 6mA -IP- seq原理类似于MeDIP的免疫共沉淀测序技术，利⽤特异性抗体富集6mA⽚段，扩增后进行高通量测序及甲基化分析，以较少的数据量，快速地绘制全基因组DNA甲基化⽔平的图谱。
图：6mA-IP-seq建库测序流程图
分析流程：
样本要求： 细胞：≥1×107个 动物组织：≥3g 植物组织：≥3g 真核微生物：≥500mg 建库测序： 测序策略：NovaSeq6000, PE150 测序深度：20-30M clean reads 项目周期： 50个工作日 案例分析 【项⽬⽂章】《N-甲基脱氧腺嘌呤和组蛋⽩甲基化介导了刺激热应激诱导的跨代⽣存优势》 N-methyldeoxyadenineandhistonemethylationmediatetransgenerationalsurvivaladvantagesinducedbyhormeticheatstress 期刊：ScienceAdvances｜影响因⼦：14.957｜发表时间：2021年｜发表单位：暨南⼤学 研究背景： 环境胁迫可以诱导⽣存优势传递到多代，代表了在物种⽔平上的进化优势适应。以线⾍秀丽隐杆线⾍为模型，作者发现任何⼀个亲本经历的热休克都可以增加⾃⼰的寿命，并延⻓到第五代后代。组蛋⽩H3K9me3甲基转移酶SET-25和SET-32以及DNA N6-甲基甲基转移酶DAMT-1参与了跨代⾼温记忆的传递。 研究结果： 研究⾸先利⽤dot blot分析发现在热应激条件下的动物中N6-mA明显升⾼。为了确定动物在热应激时哪些N6-mA修饰的基因受到影响，作者进⾏了MeDIP-seq 。结果显⽰，热胁迫后⼀些基因的N6-mA DNA修饰显著增加，⽽其他⼀些基因的修饰显著减少。值得注意的是，研究发现N6-mA和H3K9me3标记在基因组的同⼀个位点上，并且这些标记的⽐例似乎与基因转录活性有关。MeDIP-qPCR分析显⽰，对于热应激反应相关基因 ，H3K9me3降低和N6-mA升⾼增加了转录⽔平。总之 ，在热胁迫下，N6-mA的升⾼和H3K9me3的降低共同促进了应激反应基因的转录，延⻓了⽣命的寿命。
图：DNA N6-mA介导了热应激诱导的跨代遗传 |
