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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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TECHNOLOGY SERVICE

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详细说明

MeRIP-seq

  • 产品介绍
  • 案例分析

MeRIP-seq(Methylated RNA immunoprecipitation sequencing)


产品介绍:

MeRIP-seq 原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A 修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究

m6AN6-methyladenosine6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中十分常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6A RNA出现在多种重要的细胞生命过程中,意味着mRNA甲基化参与了多种生物学过程,如干细胞分化、生物节律等,同时也参与了多种疾病的发生,包括肿瘤、肥胖和不育等。

MeRIP-seq  建库流程.png

图:MeRIP-seq建库测序流程示意图


分析流程:

image.png


样本要求:

细胞:1×10

动物组织:3g

植物组织:3g

真核微生物:2g


建库测序:

测序策略:Illumina, PE150

测序深度:20-30M clean reads


项目周期:

60个工作日


案例分析

《RNAm6A甲基化的改变促进亨廷顿⽒病⼩⿏海⻢记忆缺陷》

Alteredm6ARNAmethylationcontributestohippocampalmemorydeficitsinHuntington'sdiseasemice

期刊:CellularandMolecularLifeSciences|影响因⼦:8.0|发表时间:2022年|发表单位:巴塞罗那⼤学


研究背景:

N6-甲基腺苷(m6A)调节 RNA 代谢的许多⽅⾯,并参与学习和记忆过程。然⽽,m6A转录后编辑失调对神经退⾏性疾病中突触损伤的影响尚不清楚。


研究结果:

为了鉴定和表征 m6A RNA修饰模式,进⾏ m6A RNA 免疫共沉淀和测序(MeRIP-seq)。Peak的分布显⽰在所有条件下 m6A 密度在 CDS 和 3’UTR 有类似的富集。对 Peak 附近的序列进⾏分析,结果表明在不同条件下存在 m6A 共识位点 DRACH 的富集。这些数据表明,m6A分析结果与已发表的 m6A 特征相⼀致。MeRIP- seq分析发现,每种条件下约有30000 m6A Peak,对应于约11000 m6A修饰的mRNA。这与研究结果⼀致,即来⾃⽆症状的 Hdh+/Q111 ⼩⿏的 RNA m6A ⽔平升⾼,这些⼩⿏的 m6A 峰值的数量是 WT ⼩⿏的1.4倍。

image.png

图:WT 和 Hdh+/Q111(KI)⼩⿏海⻢中转录组范围内的 m6A 景观图谱







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