TECHNOLOGY SERVICE
科技服务
|
MeRIP-seq
MeRIP-seq(Methylated RNA immunoprecipitation sequencing)产品介绍: MeRIP-seq原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。 m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中十分常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6A RNA出现在多种重要的细胞生命过程中,意味着mRNA甲基化参与了多种生物学过程,如干细胞分化、生物节律等,同时也参与了多种疾病的发生,包括肿瘤、肥胖和不育等。 ▲MeRIP-seq建库测序流程示意图 技术路线:
样本要求: RNA总量:100-150 μg RNA浓度:≥100 ng/μl DNA纯度:OD260/OD280在1.8—2.1,完整性较好 建库测序: 测序策略:Illumina Hiseq, PE150 测序深度:20-30M clean reads 项目周期: 60个工作日 案例分析 《Zc3h13调节核RNA m6A的甲基化和小鼠胚胎干细胞的自我更新》 Zc3h13 Regulates Nuclear RNA m6A Methylation and Mouse Embryonic Stem Cell Self-Renewal. Molecular Cell, 2018, 69(6):1028-1038.e6.(IF=14.548) 本文通过基因敲除、MeRIP -seq、CoIP等手段证明锌指蛋白ZC3H13能影响RNA的m6A修饰水平,而在调控过程中,Zc3h13-WTAP- Virilizer-Hakai复合物起着重要作用。Zc3h13调控作用是通过在核内锚定WTAP、Virilizer和Hakai以调节RNA m6A甲基化修饰并通过调控RNA的m6A修饰情况来调节mESC自我更新。 ▲人胚胎干细胞中m6A情况以及其胞质和核质中m6A分布情况 《H3K36me3引导RNA m6A甲基化修饰共转录》 Histone H3 trimethylation at lysine 36 guides m6A RNA modification co-transcriptionally. Nature.2019, 567(7748):414-419.(IF=43.070) 本文报道了H3K36me3作为转录延伸标记在全转录组范围内调控m6A修饰。作者发现m6A修饰在H3K36me3峰附近富集,当细胞无H3K36me3,m6A修饰也相应减少。分析发现, H3K36me3直接识别并绑定MTC复合物中的METTL14,这反过来又促进了m6A MTC邻近RNA聚合酶II的结合,从而将m6A MTC同时传递向积极转录的RNA来聚集m6A。在小鼠胚胎干细胞中,METTL14基因敲除、H3K36me3的消耗也显著降低了m6A丰度和多能性,导致细胞干性增加。总体而言,作者的研究揭示了H3K36me3和METTL14在决定m6A在mRNA中的特异性和动态积聚方面的重要作用,并揭示了组蛋白修饰和RNA甲基化之间交叉关系的另一层次的基因表达调控情况。 ▲不同处理细胞m6A情况 |