TECHNOLOGY SERVICE
科技服务
|
MeRIP-seq
MeRIP-seq（Methylated RNA immunoprecipitation sequencing）产品介绍： MeRIP-seq原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀，将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析，即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。 m6A（N6-methyladenosine，6-甲基腺嘌呤）是真核生物mRNA内部序列中十分常见的一种甲基化修饰，同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6A RNA出现在多种重要的细胞生命过程中，意味着mRNA甲基化参与了多种生物学过程，如干细胞分化、生物节律等，同时也参与了多种疾病的发生，包括肿瘤、肥胖和不育等。
▲MeRIP-seq建库测序流程示意图 技术路线：
样本要求： RNA总量：100-150 μg RNA浓度：≥100 ng/μl DNA纯度：OD260/OD280在1.8—2.1，完整性较好 建库测序： 测序策略：Illumina Hiseq, PE150 测序深度：20-30M clean reads 项目周期： 60个工作日 案例分析 《Zc3h13调节核RNA m6A的甲基化和小鼠胚胎干细胞的自我更新》 Zc3h13 Regulates Nuclear RNA m6A Methylation and Mouse Embryonic Stem Cell Self-Renewal. Molecular Cell, 2018, 69(6):1028-1038.e6.（IF=14.548） 本文通过基因敲除、MeRIP -seq、CoIP等手段证明锌指蛋白ZC3H13能影响RNA的m6A修饰水平，而在调控过程中，Zc3h13-WTAP- Virilizer-Hakai复合物起着重要作用。Zc3h13调控作用是通过在核内锚定WTAP、Virilizer和Hakai以调节RNA m6A甲基化修饰并通过调控RNA的m6A修饰情况来调节mESC自我更新。
▲人胚胎干细胞中m6A情况以及其胞质和核质中m6A分布情况 《H3K36me3引导RNA m6A甲基化修饰共转录》 Histone H3 trimethylation at lysine 36 guides m6A RNA modification co-transcriptionally. Nature.2019, 567(7748):414-419.（IF=43.070） 本文报道了H3K36me3作为转录延伸标记在全转录组范围内调控m6A修饰。作者发现m6A修饰在H3K36me3峰附近富集，当细胞无H3K36me3，m6A修饰也相应减少。分析发现， H3K36me3直接识别并绑定MTC复合物中的METTL14，这反过来又促进了m6A MTC邻近RNA聚合酶II的结合，从而将m6A MTC同时传递向积极转录的RNA来聚集m6A。在小鼠胚胎干细胞中，METTL14基因敲除、H3K36me3的消耗也显著降低了m6A丰度和多能性，导致细胞干性增加。总体而言，作者的研究揭示了H3K36me3和METTL14在决定m6A在mRNA中的特异性和动态积聚方面的重要作用，并揭示了组蛋白修饰和RNA甲基化之间交叉关系的另一层次的基因表达调控情况。
▲不同处理细胞m6A情况 |
