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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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详细说明

单细胞多组学(scATAC-seq+scRNA-seq)

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单细胞多组学(scATAC-seq+scRNA-seq)


产品介绍:

单细胞多组学是10xGenomics商业化的用于同时研究单细胞染色质开放性和基因表达的多组学解决⽅案。该方案利用⼀份材料,同时获得基因表达和染色质开放性图谱。该平台样本利用Tn5转座酶对细胞核悬液进行转座之后进行10xGenomics平台的捕获。单个凝胶珠(Gel Beads)与细胞核以及反应试剂形成GEMs,而GelBeads上同时包含了mRNA捕获序列poly(dT)以及染色质开放性捕获序列,后期构建基因表达⽂库与ATAC-seq⽂库,分析上通过10xBarcode匹配,实现同⼀细胞的转录组和表观组共同研究。单细胞多组学以多维度为解析生命活动机制提供了新的解决⽅案。


技术流程:

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Gel besds信息:

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样本要求:

  • 总量>105标细胞个数(最少10,000个细胞); 

  • 浓度700-1,200/μl; 

  • 细胞间⽆粘连(成团率<5%);

  • ⽆⼤于40μm的细胞碎⽚或其他颗粒物;

  • 细胞成活率应⼤于85%; 

  • 不存在逆转录抑制剂和⾮细胞的核酸分⼦; 

  • 有完整的基因组。


建库测序:

测序量:scRNA 100G,scATAC  90G


项目周期:

40个⼯作⽇


案例分享


【项⽬⽂章】《单细胞多组学分析揭⽰了⾯包⼩⻨根系中的不对称基因表达和细胞类型特异性调控⽹络》

Asymmetricgeneexpressionandcell-type-specificregulatorynetworks

intherootofbreadwheatrevealedbysingle-cellmultiomicsanalysis

期刊:GenomeBiology|影响因⼦:17.902|发表时间:2023年|发表单位:华中农业⼤学


研究背景:

同源基因的不对称表达在多倍体中普遍存在,这使得显性位点能控制特定亚基因组中的特定农艺性状。然⽽,⽬前对同源基因不对称表达的理解限于组织或器官层⾯,这些组织或器官由多种细胞类型 组成,参考单细胞转录图谱的缺乏掩盖了细胞异质性引起的不对称表达的细节。最近,单细胞RNA测序(scRNA-seq)在植物中的应⽤提⾼了对各种植物物种中细胞异质性的理解,如拟南芥、⽔稻、⽟⽶、棉花、花⽣和杨树。⾯包⼩⻨是⼀种典型的异六倍体物种, 与拟南芥和⽔稻相⽐,异源多倍体基因组和对其⾼地栖息地的适应可能有助于⼩⻨中特殊的根组织和转录组异质性。


研究结果:

在该研究中,研究⼈员利⽤单核RNA测序(snRNA-seq)和单核转座酶可及染⾊质⾼通量测序分析(snATAC-seq)探索了⼩⻨根组织在单细胞分辨率下的不对称基因表达模式。此外,作者构建了控制细胞⾝份的细胞类型特异性⽹络,并通过结合细胞类型特异性基因表达和染⾊质可及性,鉴定了驱动细胞命运从分⽣组织细胞向根⽑转变的新的转录因⼦。

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图:snRNA-seqsnATAC-seq联合分析


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