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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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全基因组甲基化测序

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  • 案例分析

全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing)


产品介绍:

全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing)是利用重亚硫酸氢盐对全基因组DNA进行处理,使未甲基化修饰的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶碱基,然后在后续PCR过程中,尿嘧啶碱基转化成胸腺嘌呤碱基。利用高通量测序在全基因组范围内检测所有的甲基化位点,绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。WGBS能为基因组时空特异性修饰的研究提供重要的技术支持,广泛应用于个体发育、衰老和疾病过程中表观遗传差异的作用机理研究中,也是各物种甲基化图谱研究的首选技术。

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技术路线:

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样本要求:

基因组DNA≥2 μg

样品浓度:≥40 ng/μl

DNA纯度:OD260/OD280=1.8-2.0OD260/OD230大于2.0,琼脂糖凝胶电泳检测主带大约23Kb,无拖尾无降解,无蛋白污染。


建库测序:

测序策略:Illumina Hiseq, PE150

测序深度:30×


项目周期:

45个工作日


案例分析

《靶向阻断人胚胎干细胞中的DNMT1、DNMT3A和DNMT3B》

Targeted disruption of DNMT1, DNMT3A and DNMT3B in human embryonic stem cells. Nature genetics. 47:469–478 (2015)(IF=31.616)


研究背景:

DNA甲基化是调控基因表达和维持基因组完整性的关键表观遗传修饰。在此,作者使用CRISPR/Cas9基因组编辑技术灭活了人类胚胎干细胞(ESCs)中所有三种催化活性的DNA甲基转移酶(DNMTs),以进一步研究这些酶的作用和在基因组上的靶点。


研究结果:

WGBS-seq结果发现,单独阻断DNMT3ADNMT3B,以及两种酶的串联阻断产生的可存活的多能性细胞系明显影响了其DNA甲基化。令人惊讶的是,与小鼠实验结果相反,DNMT1的缺失导致了人类ESCs细胞的快速死亡。为了克服这种直接致死率,我们产生了一个对多西环素敏感的tTA-DNMT1拯救系,并很容易获得纯合的DNMT1突变系。然而,多西环素介导的外源性DNMT1的抑制启动了DNA甲基化的快速、全局性损失,随后引发了广泛的细胞死亡。我们的数据提供了DNMT突变型ESCs的全面特征,包括针对这些酶的单碱基全基因组图谱。

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▲全基因组甲基化动态变化情况



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