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全基因组甲基化测序
全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing) 产品介绍: 全基因组甲基化测序(WGBS)是利⽤重亚硫酸氢盐对全基因组DNA进⾏处理,使未甲基化修饰的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶碱基,然后在后续PCR过程中,尿嘧啶碱基转化成胸腺嘧啶碱基。利⽤⾼通量测序在全基因组范围内检测所有的甲基化位点,绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱 。WGBS能为基因组时空特异性修饰的研究提供重要的技术⽀持,⼴泛应⽤于个体发育、衰⽼和疾病过程中表观遗传差异的作⽤机理研究中,也是各物种甲基化图谱研究的⾸选技术。
分析流程:
技术优势: 样本要求: 细胞:≥5×106个 动物组织:≥0.2g 植物组织:≥3g 建库测序: 测序策略:Illumina, PE150 测序深度:≥30× 项目周期: 45个工作日 案例分析 【项⽬⽂章】《DNA低甲基化通过⽣⻓素和⼄烯响应途径介导桂花中花的开放和衰⽼》 DNAhypomethylationmediatesfloweropeningandsenescenceinsweetosmanthusthroughauxinandethyleneresponsivepathways 期刊:PostharvestBiologyandTechnology|影响因⼦:6.751|发表时间:2023年|发表单位:湖北科技学院 研究背景: 桂花是中国最受欢迎的⼗⼤传统花卉之⼀,被⼴泛⽤于观赏、⻝品/化妆品添加剂等。但其花期 普遍较短,最佳商业采收期仅为2-3d,极⼤地限制了其观赏价值和经济可⾏性。内源性⼄烯的产⽣是花衰⽼的重要调节因⼦。⼄烯增强了DNA碎⽚,破坏亚细胞结构,导致花瓣脱落。然⽽,桂花内源⼄烯产⽣的机制和花从开放到衰⽼的过程尚不清楚 。已有研究表明,DNA甲基化参与调控果实成熟和叶⽚衰⽼(如番茄、拟南芥等)。然⽽,DNA甲基化在调控桂花开花和衰⽼中的作⽤尚不清楚。 技术路线: 研究结果: 本研究通过对桂花全基因组DNA甲基化和转录组谱的综合分析,揭示了DNA去甲基化在桂花开花过程中起着重要作⽤ 。DNA低甲基化可能通过⽣⻓素反应途径OfSAUR基因介导花开放,并通过⼄烯合成和反应途径OfERF基因介导花衰⽼。最终,作者提出了⼀种表观遗传调控三组分模型,在该模型中,花的开放和衰⽼由DNA去甲基化调控,通过介导特定基因家族的表达,以及植物激素⽣⻓素和⼄烯,将花转变为开放和衰⽼的状态。 图:DNA低甲基化通过⽣⻓素和⼄烯反应途径介导花的开放和衰⽼ |