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全基因组甲基化测序
全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing） 产品介绍： 全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing）是利用重亚硫酸氢盐对全基因组DNA进行处理，使未甲基化修饰的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶碱基，然后在后续PCR过程中，尿嘧啶碱基转化成胸腺嘌呤碱基。利用高通量测序在全基因组范围内检测所有的甲基化位点，绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。WGBS能为基因组时空特异性修饰的研究提供重要的技术支持，广泛应用于个体发育、衰老和疾病过程中表观遗传差异的作用机理研究中，也是各物种甲基化图谱研究的首选技术。
技术路线：
样本要求： 基因组DNA：≥2 μg 样品浓度：≥40 ng/μl DNA纯度：OD260/OD280=1.8-2.0，OD260/OD230大于2.0，琼脂糖凝胶电泳检测主带大约23Kb，无拖尾无降解，无蛋白污染。 建库测序： 测序策略：Illumina Hiseq, PE150 测序深度：≥30× 项目周期： 45个工作日 案例分析 《靶向阻断人胚胎干细胞中的DNMT1、DNMT3A和DNMT3B》 Targeted disruption of DNMT1, DNMT3A and DNMT3B in human embryonic stem cells. Nature genetics. 47:469–478 (2015)（IF=31.616） 研究背景： DNA甲基化是调控基因表达和维持基因组完整性的关键表观遗传修饰。在此，作者使用CRISPR/Cas9基因组编辑技术灭活了人类胚胎干细胞(ESCs)中所有三种催化活性的DNA甲基转移酶(DNMTs)，以进一步研究这些酶的作用和在基因组上的靶点。 研究结果： WGBS-seq结果发现，单独阻断DNMT3A或DNMT3B，以及两种酶的串联阻断产生的可存活的多能性细胞系明显影响了其DNA甲基化。令人惊讶的是，与小鼠实验结果相反，DNMT1的缺失导致了人类ESCs细胞的快速死亡。为了克服这种直接致死率，我们产生了一个对多西环素敏感的tTA-DNMT1拯救系，并很容易获得纯合的DNMT1突变系。然而，多西环素介导的外源性DNMT1的抑制启动了DNA甲基化的快速、全局性损失，随后引发了广泛的细胞死亡。我们的数据提供了DNMT突变型ESCs的全面特征，包括针对这些酶的单碱基全基因组图谱。
▲全基因组甲基化动态变化情况 |
