案例分享
《基于核苷酸、indel和存在-缺失多态性的ddRAD-seq系统发育分析》
ddRAD-seq phylogenetics based on nucleotide, indel, and presence–absence polymorphisms: Analyses of two avian genera with contrasting histories.
Molecular Phylogenetics & Evolution, 2016, 94(Pt A):122-135.(IF=3.992)
研究背景:
通过基因型排序方法已经彻底改变了分子生态学领域,但它们在分子系统发育方面的应用仍然有限。此外,大多数基于大型GBS数据集的系统发育研究依赖于对连接数据的分析,而不是明确说明基因座间系谱随机性。
研究结果:
我们实现各种系统/方法和测试方法的效用不同类别的特征信息,包括SNPs,Indels,存在-缺失位点的数据集。我们也评估同源的“衰变”ddRAD-seq位点增加样本之间的遗传差异和比较的程度gene-tree / species-tree两个属之间的一致性。
图:使用ddRAD-seq数据进行系统发育分析