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样本处理及建库系统 / 二代测序系统
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武汉爱基百客生物科技有限公司（简称爱基百客），位于武汉高农生物园，办公面积逾3000m2，是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务，运营至今合作的科研客户近千家，涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业，运营至今销售额超1亿元，科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表，受到了客户广泛好评，是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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网站首页 >> 科技服务 >>染色质图谱 >> ATAC-seq

详细说明

ATAC-seq

产品介绍
案例分析

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing）

产品介绍：

ATAC-seq是⼀种用于探究染色质开放性区域的技术，该技术利用Tn5转座酶可以接近核小体疏松区域切割暴露的DNA，获得开放的染⾊质区段（open chromatin），通过高通量测序及生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因，以此探究⽣物学相关问题。

ATAC原理.png

ATAC-seq技术原理

技术路线：

ATAC技术路线.png

分析流程：

ATAC分析流程.png

产品优势：

低细胞起始量>50000个细胞
项⽬经验丰富人、猪、小鼠、海马、鸡、蜜蜂、水稻、油菜、番木瓜、大豆、玉米、疫霉菌、酿酒酵母、稻曲菌等100+物种经验。
组学产品丰富满足多组学数据挖掘和个性化分析。

样本要求：

细胞：≥5×10⁴个

动物组织：≥1 g

植物组织：≥1 g

真核微生物：协商

建库测序：

测序策略：Illumina , PE150

测序深度：100 M clean reads

项目周期：

90个工作日

案例分析

【项⽬⽂章】《ATAC-seq揭⽰了⼤⾖疫霉基因组中开放染⾊质和顺式调节元件的景观》

ATAC-SeqRevealstheLandscapeofOpenChromatinandcis-RegulatoryElementsinthePhytophthorasojaeGenome

期刊：MolPlantMicrobeInteract｜影响因⼦：3.422｜发表时间：2022年｜发表单位：南京农业⼤学

研究背景：

疫霉菌引起的作物疾病被认为是“植物瘟疫”，⽽⼤⾖疫霉菌是引起⼤⾖茎和根腐烂的丝状卵菌植物病原菌，在世界范围内严重影响⼤⾖产量。精确的基因转录调控对⼤⾖疫霉菌的发育和感染过程是⾮常有必要的。转录因⼦通过调控疫霉菌各个阶段的基因转录，在疫霉菌的⽣物学过程中发挥重要作⽤。因此，鉴定转录因⼦结合位点对于阐明它们的功能⾮常重要。然⽽，⽬前疫霉菌或植物病原真菌的染⾊质开放区研究还⽐较少。

研究结果：

该研究对菌丝期的⼤⾖疫霉菌进⾏ ATAC-seq 测序分析。对⽆核⼩体染⾊质开放区域进⾏鉴定，分析了基因转录⽔平和染⾊质可及性的相关性。通过⾜迹⽀持的顺式作⽤元件鉴定得到了48个motif，其中 88% motif 类似于已报道的致病疫霉菌。Motif位置偏好分析发现核⼼启动⼦的⼤部分 motif 位于起始密码⼦上游的 150bp 范围内，不同的 motif 展现不同的位置偏好。