原核转录组

案例分享

《⼀种外膜蛋⽩YiaD有助于鲍曼不动杆菌对美罗培南的适应性抗性》

An
Outer
Membrane
Protein
YiaD
Contributes
to
Adaptive
Resistance
of
Meropenem
in
Acinetobacter
baumannii

期刊：Microbiol
Spectr
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影响因⼦：9.043
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发表时间：2022年
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发表单位：西安交通⼤学

研究背景：

鲍曼不动杆菌是⼀种重要的医院病原体，可对多种抗⽣素产⽣多种耐药性机制。然⽽，关于它是如何从抗⽣素敏感演变为耐药表型的机制尚不太清楚。该研究通过原核转录组以及实验验证揭⽰鲍曼不 动杆菌外膜蛋⽩(OMPs)在抗⽣素胁迫下的转变，并确定YiaD作为外膜蛋⽩（OMP）标记物参与A.baumanni对美罗培南(MEM)适应性耐药性的发展。

研究结果：

为了鉴定鲍曼不动杆菌参与MEM应激反应 的潜在适应基因，对其进⾏RNA-seq分析。 在MEM胁迫下，共有470个基因存在差异表达，上调89个，下调381个。⽂献报道显⽰鲍曼不动杆菌的碳⻘霉烯类耐药性主要是由OMPs的改变、外排泵的过表达、⻘霉素结 合蛋⽩的变化和β-内酰胺酶的⽣成来介导的。在该研究的RNA-seq结果中，外排泵的表达是主要减少的。这⼀结果与外排泵的功能相冲突，预期外排泵的表达会增加，从⽽增加细菌对抗⽣素的耐药性。此外，在AB5116中，⻘霉素结合蛋⽩的表达和β-内 酰胺酶的产⽣均⽆变化。据报道，有⼏个外膜蛋⽩⽐如OmpA、CarO和OprD对耐药性⾄关重要；于是，该研究对鲍曼不动杆菌中11个频繁报道过的外膜蛋⽩进⾏了分析，在MEM胁迫下其中2个转录呈现上调趋势，11个呈现下调趋势 。然⽽，只有carO、yiaD和oprD被认为是差异表达基因，其中carO和yiaD表达下调，oprD表达上调。该研究⾸次证明了YiaD表现出与MEM适应和抗性进化相关的独特转录。

图：RNA-seq结果的分析和外膜蛋⽩（OMPs）表达的变化