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武汉爱基百客生物科技有限公司（简称爱基百客），位于武汉高农生物园，办公面积逾3000m2，是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务，运营至今合作的科研客户近千家，涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业，运营至今销售额超1亿元，科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表，受到了客户广泛好评，是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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详细说明

scATAC-seq

产品介绍
案例分享

单细胞染色质可及性（scATAC-seq）

产品介绍：

多数基因组中的染色质都紧紧盘绕在细胞核内，但也有一些区域经染色质重塑后呈现出松散的状态，这部分无核小体的裸露DNA区域被称为开放染色质（open chromatin），而DNA复制和基因转录都发生在这些区域。染色质的这种特性叫做染色质的易接近性（chromatin accessibility），通过研究细胞特定状态下开放的染色质区域可以在DNA水平上了解其转录调控。10× scATAC-seq（Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，单细胞染色质易开放区域测序）基于10×Genomics单细胞平台，利⽤Tn5转座酶切割染⾊质的开放区域，并加上测序引物进行高通量测序，以单细胞层面研究染色质开放区域，在肿瘤异质性研究、基因调控网络分析、转录因子挖掘等方面发挥了重要作用。

技术流程：

样本要求：

样本类型：单细胞核悬浮液

样本来源：细胞系、原代细胞、冷冻保存样品

细胞核大小：小于40μm

测序量：90G

项目周期：

40个⼯作⽇

案例分享

《单细胞测序技术绘制哺乳动物染色质可接近性图谱》

A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility.

Cell, 2018, 174:1309-1324.e18.（IF=36.216）

研究背景：

目前已经有大量关于细胞系和组织中全基因组染色质的可接近性的研究。然而，细胞系在体外培养的过程中会发生改变，组织被细胞类型异质性混淆。虽然在体内细胞类型可以流动分类和研究，但会耗费大量劳力，而且需要相关研究报道的标记来区分。

研究内容：

研究应用单细胞ATAC-seq分析了5只成年雄性小鼠13个组织约10万个单细胞染色质可及性，最终得到81173个细胞，共鉴定出85个亚群和436,206种调控元件，并利用启动子的相关基因对85个亚群的细胞类型进行注释，呈现了哺乳动物不同细胞类型的染色质调控图谱。联合单细胞RNA-seq分析数据，发现两种方法注释的细胞类型表现出高度一致性；基于KNN分类将scRNA-seq中最常见的标记关联到scATAC-seq数据，共同注释细胞类型。利用全基因组关联研究（GWAS）的数据，使用LDSC模型将人类的SNP提升到小鼠基因组中，根据DA峰值的重叠进行注释，研究人类特征性疾病与细胞类型间的相关性。