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样本处理及建库系统 / 二代测序系统
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武汉爱基百客生物科技有限公司（简称爱基百客），位于武汉高农生物园，办公面积逾3000m2，是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务，运营至今合作的科研客户近千家，涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业，运营至今销售额超1亿元，科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表，受到了客户广泛好评，是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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网站首页 >> 科技服务 >>核酸蛋白互作组学 >> RIP-seq

详细说明

RIP-seq

产品介绍
案例分析

RIP-seq（RNA Immunoprecipitation sequencing）

产品介绍：

RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）是研究细胞内RNA与蛋⽩结合情况的技术，RIP利⽤⽬标蛋⽩的抗体将相应的RNA-蛋⽩复合物（RBP）沉淀下来，分离纯化捕获的RNA，结合⾼通量测序技术对⽬标RNA 进⾏测序分析。RIP可以看成是普遍使⽤的染⾊质免疫沉淀 ChIP 技术的类似应⽤，蛋⽩结合对象为RNA，RIP-seq即对富集得到的RNA ⽚段进⾏⾼通量测序，是了解转录后调控⽹络动态过程的有⼒⼯具，能够有效探究在基因组范围内发现与蛋⽩或蛋⽩复合物相结合的RNA。

图：RIP-seq实验流程

技术路线：

RIP技术路线.png

样本要求：

细胞：≥1×107个

动物组织：≥5 g

植物组织：≥5 g

真核微生物：500mg

建库测序：

测序策略：NovaSeq6000, PE150

测序深度：6-12 G

项目周期：

45个工作日

案例分析

【项⽬⽂章】《SEC1-C3H39模块通过介导其靶mRNA的降解来微调番茄的耐寒性》

SEC1-C3H39modulefine-tunescoldtolerancebymediatingitstargetmRNAsdegradationintomato

期刊：NewPhytol｜影响因⼦：10.323｜发表时间：2022年｜发表单位：浙江⼤学

研究背景：

在⾃然条件下，植物⽣⻓不可避免地受到温度、⼲旱、盐碱等极端环境的影响。温度可以影响植物⽣⻓、发育甚⾄死亡。低温是主要的环境压⼒，损害了植物的⽣⻓和⽣产⼒，从⽽限制了植物的地理分布。植物已经进化出⽆数的机制来感知环境挑战，并在其⽣⻓中做出适当的调整，以抵御恶劣的环境并将损害最⼩化。在植物中，CCCH锌指蛋⽩调控其发育过程和抗逆性。既往研究表明，转录后调控是CCCH锌指蛋⽩的保守功能。然⽽，CCCH锌指蛋⽩通过转录后调控调节植物的胁迫耐受性的分⼦机制尚不清楚。

研究结果：

在本研究中，发现番茄CCCH锌指蛋⽩SlC3H39 在冷胁迫下快速诱导表达。为了进⼀步研究SlC3H39 在番茄耐寒性中的调控功能，作者构建了两个稳定的功能缺失的SlC3H39 突变体。表型以及⽣理指标分析显示SlC3H39负调控番茄植株的耐寒性。为了获得SlC3H39 的靶RNA，对番茄幼苗进⾏RIP-seq，在全基因组范围内确定 SlC3H39 蛋⽩体内的RNA结合位点。研究结果表明 SlC3H39 通过结合冷反应基因的3 'UTR并破坏这些转录本，通过转录后调控来调节植物的耐寒性。