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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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详细说明

全基因组de novo

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全基因组de novo


产品介绍:

基因组de novo,⼜称为基因组从头测序,是指不需要任何参考序列即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接、组装,获得该物种的基因组序列图谱,为后续功能基因挖掘、调控代谢网络构建、物种进化分析等奠定基础。


分析流程:

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样本要求:

DNA总量及浓度:大于10μg,若纯度不达标时,需要多送; 

DNA纯度:OD260/OD280=1.8-2.0,OD260/OD230≥2.0。

                     DNA样品澄清透明,⽆不溶物,⽆粘稠现象,⽆降解或轻微降解。


技术参数:

仪器平台:Nanopore、Pacbio 

测序深度:>100X


项目周期:

依据基因组大小具体评估




案例分享


《染⾊体⽔平基因组揭⽰了⼭核桃的⾮对称古亚基因组的进化和加速真菌抗性育种的⽬标》

Chromosome-scaleassemblyrevealsthesymmetricpaleo-subgenomesevolutionandtargetsfor acceleratingfungalresistancebreedinginnutcrop,pecan

期刊:PlantCommunications|影响因⼦:8.625|发表时间:2021年|发表单位:浙江农林⼤学



研究背景:

美国⼭核桃 (Carya illinoinensis ),⼜称碧根果、薄壳⼭核桃,是胡桃科⼭核桃属最具有经济意义的坚果作物。然⽽,美国⼭核桃的⽣产和坚果质量⾯临巨⼤的环境挑战,例如真菌疾病的爆发。在⼏种对经济具有破坏性的真菌疾病中,由Venturia exprasa引起的疮痂病是对美国⼭核桃产量和品质影响最⼤的制约因素,且在现有⼭核桃种植⾯积中,易感品种占主导地位。 因此迫切需要了解美国⼭核桃对该病原菌的遗传抗性来源。


研究结果:

在该项研究中,⾸先通过整合纳⽶孔测序结合Hi-C技术,获得了杂交碧根果品种‘Pawnee’的⾼质量染⾊体⽔平基因组精细图。系统发育和进化分析揭⽰了碧根果和胡桃的两次全基因组复制 (WGD)事件和两个古亚基因组。分歧时间的推算结果显⽰:最近的WGD事件、碧根果和胡桃中⼤量的基因组重排事件是其与杨梅分离后基因组扩张和染⾊体数量增多的主要原因。两个古亚基因组在亚基因组⼤⼩和蛋⽩质编码基因数量上存在明显差异,并且表现出不对称的古基因丢失以及转座因⼦和转录因⼦家族的不对称分布,反映出胡桃科植物的在历史上经历了⻓期进化过程。

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图:碧根果染⾊体⽔平组装基因组特征和进化

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