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Smart-seq2
单细胞全长转录组测序（Smart-seq2） 产品介绍： 单细胞测序技术在科研领域已得到了广泛的应用，尤其是肿瘤、免疫、细胞发育、病毒感染、用药指导及靶标筛选等研究领域。⽬前，主流的单细胞解决方案除了10x Genomics Chromium外，还有Smart-seq2技术。Smart-seq技术于2012年公布，Smart-seq2是升级版技术。Smart-seq2是可以检测mRNA全长的单细胞转录组测序技术，也可⽤于分析可变剪切。 Smart-seq2技术利用oligo-dT30VN作为反转录起始引物进行逆转录，逆转录至mRNA的5’端帽子结构时，利用MMLV酶的模板置换的活性，利用TSO作为模板，继续逆转录，进而添加5’通用序列。其具有模板起始量低、转录本覆盖度高、碱基分辨率高和检测灵敏度高等优势，但只能分析带poly A的RNA，RNA质量要求高，且检测的是非链特异性RNA。Smart-seq2技术对于样本量少、特殊样本（比如生殖细胞）有较好的适配性。 技术流程：
分析流程：
样本要求： 真核生物（动物），mRNA 具有Poly(A)结构； 单细胞：细胞直径大于10μm； 微量细胞：细胞数目在200个以下； 微量total RNA：一般要求 RNA 28S/18S≥1，RIN≥7，浓度＞50pg/μL。 建库测序： 测序策略：Illnumina，PE150 测序深度：6G 项目周期： 40个工作日 案例分享 《Smart-seq2测序揭⽰了⼈先天淋巴细胞的组织特异性基因表达》 Tissue-specifictranscriptionalimprintingandheterogeneity inhumaninnatelymphoidcellsrevealedbyfull-lengthsingle-cellRNA-sequencing 期刊：CellResearch｜影响因⼦：46.297｜发表时间：2019｜发表单位：瑞典斯德哥尔摩卡罗林斯卡医学院感染医学中⼼ 研究背景： 先天淋巴样细胞(Innate lymphoid cells,ILCs)是近年来加⼊先天免疫系统的新成员，在清除细胞内和细胞外病原体、调节适应性免疫、组织修复和参与炎症等⽅⾯发挥着重要作⽤。然⽽，这些现有研究依赖于⼤量分类的ILC群体的有偏差定义，掩盖了潜在的异质性。微环境对⼈类先天淋巴样细胞(ILC)介导的免疫的影响在很⼤程度上仍然未知。 研究结果： 本研究使⽤全⻓Smart-seq2进⾏全⻓转录组测序来揭⽰四种⼈体组织中CD127+ ILCs的组 织特异性转录谱和异质性 。相关分析确定了扁桃体和⾎液中I LCs迁移特性的基因模块，以及结肠和肺部ILCs的组织驻留、激活和修饰代谢特征。轨迹分析揭⽰了从循环和组织常驻未成熟ILC到成熟ILC亚群的潜在分化途径。在肺中，作者发现CRTH2+和CRTH2−ILC2具有肺特异性特征，可以通过循环ILC2的进⾏相关预警。⾎液ILC1样细胞独特的TCR-v(D)j重排模式。此研究为深⼊了解ILC介导的免疫提供了基础，对疾病有指导意义。
图：Smart-seq揭⽰了不同基因表达模式细胞亚群和组织特异性 |
