标题

科研服务实验室

符合国家IS0 9001标准，实验操作流程实行内部管理标准化、可追溯。
样本处理及建库系统

样本处理及建库系统 / 二代测序系统
二代测序系统

二代测序系统

首页

加入我们

关于我们

武汉爱基百客生物科技有限公司（简称爱基百客），位于武汉高农生物园，办公面积逾3000m2，是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务，运营至今合作的科研客户近千家，涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业，运营至今销售额超1亿元，科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表，受到了客户广泛好评，是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

加入我们

核酸蛋白互作组学

基因组相关研究

多组学

核酸甲基化修饰

染色质图谱

转录调控相关研究

单细胞研究策略

综合项目服务

三代测序

网站首页

TECHNOLOGY SERVICE

科技服务

网站首页 >> 科技服务 >>基因组相关研究 >> SSR

详细说明

SSR

产品介绍
案例分享

SSR

简单重复序列(SSR)也称微卫星DNA，也可称为SSRP(Simple Sequence Repeat Polymorphisms)，STMS (Sequence-tagged microsatellites)。其串联重复的核心序列为1-6 bp，其中最常见是双核苷酸重复，即(CA) n和(TG) n每个微卫星DNA的核心序列结构相同，重复单位数目10一60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。SSR属于第二代遗传标记，可用于遗传制图、基因定位、法医学鉴定、人类学以及遗传病诊断等多个领域。

技术流程：

客户提供：

样本：动物组织0.4 g、细胞10⁷以上或植物组织样本2 g以上；

引物信息、数据分析具体要求。

最终交付：

实验报告：含完整的实验流程、PCR电泳照片、大板胶检测图、测序峰图和数据分析结果等。

案例分享

《EST-SSR标记用于杜鹃花的遗传多样性分析》

De novo assembly of transcriptome from Rhododendron latoucheae Franch. using Illumina sequencing and development of new EST-SSR markers for genetic diversity analysis in Rhododendron.

Tree Genetics & Genomes, 2017, 13(3):1-14.（IF=1.862）

研究背景：

杜鹃花以其艳丽的花朵而闻名于世，鹿角杜鹃是一种适应性强、海拔范围分布广的杜鹃花，具有美丽的香花和药用功效。然而，杜鹃花的遗传研究一直受限于有限的基因组资源和遗传标记。

研究结果：

在这项研究中，杜鹃花转录组衍生出的80660个单基因组成一个庞大的数据库。在这些单基因中，34867个单基因（43.22%）被注释为公共蛋白质数据库。此外，从16019个单基因序列中鉴定出14415个EST-SSR，平均每2.87 kb有一个SSR。其中双核苷酸SSR最丰富（80.03%），其次是三核苷酸（18.82%）、四核苷酸（0.91%）、五核苷酸（0.13%）和六核苷酸（0.11%）。进一步研究，筛选出200对具有6个以上串联重复序列的引物，其中58对引物扩增成功，显示出6个杜鹃品种的多态性。在这58对引物中，37对引物来自37种杜鹃花和中国本土的两大群体中的30个鹿角杜鹃个体中具有多态性。共鉴定出382个等位基因，平均每个位点10.3个等位基因。系统发育树、遗传结构分析和主成分分析表明，主要类群与已知的系统发育树和地理分布相对应。这些转录组数据将有助于杜鹃的基因发掘和功能基因组研究，并且新开发的EST-SSR标记可应用于多种杜鹃属植物中，并用于评价杜鹃属植物的遗传关系。