Spatial transcriptomics空间转录组

案例分享

《整合空间转录组学和单细胞RNA-seq技术揭示胰腺导管腺癌的组织结构》

Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas.Nature Biotechnology, 2020.（IF=31.864）

研究背景：

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但对其空间组织的描述仍然具有挑战性。

研究结果：

作者将一种基于微阵列的空间转录组学方法与同一样本生成的scRNA-Seq相结合，该方法使用一组点(每个点捕获多个相邻细胞的转录组)来揭示基因表达的空间模式。为了准确描述不同组织区域的细胞组成，作者引入了一种多模态交叉分析方法。将多模态交叉分析应用于原发性胰腺肿瘤，发现导管细胞、巨噬细胞、树突状细胞和癌细胞亚群存在空间限制性富集，并与其他细胞类型存在明显的共富集。此外，作者还鉴定了炎症成纤维细胞和表达应激反应基因模块的癌细胞的共域化。通过绘制scRNA -seq定义的亚群结构的方法可以用于揭示复杂组织固有的相互作用。

图：利用MIA绘制癌细胞状态与基质亚型之间的关系。